Questo secondo capitolo mette il simpatico professore di fronte a oltre 130 nuovi rompicapi, inseriti all'interno di una storia estremamente avvincente.
L'avventura comincia con il mentore di Layton, il dott. Schrader, che manda una lettera al suo pupillo, informandolo di avere trovato il leggendario Scrigno di Pandora, che si dice porti la morte a chiunque lo apra. Nella lettera lo avvisa inoltre che, nel caso non dovesse riuscire a completare le ricerche sullo scrigno, sarà Layton a doverle portare a termine.
Il Professore, sensibilmente preoccupato, si reca così da lui non appena riceve la lettera. Una volta arrivato, scopre che il dott. Schrader è deceduto, e lo scrigno di Pandora scomparso! L'unico indizio nella stanza del delitto è un biglietto per il Molentary Express… ovvero l'inizio di un'emozionante avventura...